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OCL
Volume 9, Number 2, Mars-Juin 2002
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Page(s) | 130 - 134 | |
Section | Dossier : Génomique et filière oléagineuse | |
DOI | https://doi.org/10.1051/ocl.2002.0130 | |
Published online | 15 March 2002 |
GENOMIQUE ET LIPIDES Génomique et métabolisme des lipides des plantes
Genomics and Lipids Genomics and plant lipid metabolism
Laboratoire génome et développement des plantes, UMR 5096, CNRS-IRD-UP Université de Perpignan, 66860
Perpignan Cedex, France
Il existe dans les bases de données publiques une énorme quantité de séquences d’ADN dérivées de plantes, et notamment la séquence complète du génome d’Arabidopsis thaliana, une plante modèle pour les oléagineux, proche parente du colza. Ces données constituent une ressource importante non seulement pour la compréhension de métabolisme lipidique et de sa régulation, mais aussi pour la sélection et le développement de variétés nouvelles d’oléagineux produisant davantage d’huiles ou des huiles de composition nouvelle. Cette abondance de séquences peut être exploitée, en utilisant les recherches d’homologies, pour identifier les gènes, pour obtenir des informations sur leur fonction, comme pour repérer des gènes candidats codant des fonctions nouvelles. L’analyse de ces bases de données a révélé que la majeure partie des gènes codant des enzymes impliquées dans le métabolisme lipidique appartient à des petites familles multigéniques, reflétant la diversification des fonctions des isoformes. Une analyse du catalogue des ADNc séquencés en aveugle reflète les niveaux d’expression des différents gènes et fournit un aperçu des régulations des flux au travers des voies métaboliques conduisant à la biosynthèse des lipides de réserve. La disponibilité de mutants et de lignées transgéniques d’Arabidopsis et le développement de puces à ADN qui permettent l’analyse simultanée de plusieurs milliers de gènes conduiront à une meilleure compréhension des facteurs qui régulent le métabolisme des huiles dans les graines. Une telle connaissance facilitera la manipulation de la composition des huiles et des quantités produites dans les graines.
Abstract
An enormous quantity of DNA sequence data derived from plants can be found in public databases, including the entire genomic sequence of Arabidopsis thaliana, a model for oilseeds, closely related to Brassica napus. This data constitutes an important resource not only for the understanding of lipid metabolism and its regulation but also for the selection and development of new varieties of oilseeds with enhanced production of storage lipids possessing novel fatty acid compositions. This abundance of sequence data may be exploited using homology searches to identify genes and provide insight as to their probable function as well as reveal the presence of candidate genes encoding proteins uncharacterised as yet. Data mining analyses have revealed that most of the genes encoding enzymes of lipid biosynthesis are represented by gene families reflecting a diversification of isoform functions. The analysis of catalogues of randomly sequenced cDNA seeds reflects the levels of gene expression and provides additional insight as to the regulation of flux through the metabolic pathway leading to lipid biosynthesis. The availability of mutant collections and transgenic Arabidopsis lines and the development of microarrays allowing the global analysis of expression of many thousands of genes to be carried out simultaneously will lead to a better understanding of the factors regulating the metabolism of lipids in seeds. Such knowledge will facilitate the manipulation of the fatty acid composition of lipids and the quantity of oils produced in seeds
Mots clés : métabolisme lipidique / semences / séquençage systématique / génomique
Key words: lipid metabolism / seeds / systematic sequencinq / genomics
© John Libbey Eurotext 2002
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